我国中小企业的总体发展水平与国际上先进水平相比仍有很大差距，部分中小企业长期以来主要依靠低价竞争，缺乏自主知识产权产品、技术，缺乏品牌竞争优势，受到资源环境的约束越来越大。随着我国进入新的历史发展时期，中小企业的发展面临着新的更大的挑战，尤其是国际金融危机以来，问题更趋凸显。中小企业亟需走创新发展之路，亟需提升知识产权创造、运用、保护和管理能力，亟需实现发展路径的战略转型。因此，为贯彻落实《国家中长期科学和技术发展规划纲要》《国家知识产权战略纲要》，落实国家12部委《关于支持中小企业技术创新的若干政策》，应对国际金融危机影响，提升中小企业知识产权创造、运用、保护和管理能力，加快培育拥有自主知识产权、知名品牌和较强竞争力的中小企业，促进中小企业转变发展方式，实现创新发展，国家知识产权局于2009年联合工业和信息化部共同实施“中小企业知识产权战略推进工程”，并将工程作为落实《国务院关于进一步促进中小企业发展的若干意见》（国发〔2009〕36号），促进中小企业技术进步和结构调整的重要工作。
2010-2014年是中小企业知识产权战略推进工程的首期实施时间，5年来工程取得了良好的实施效果，中小企业知识产权能力和水平得到快速提升，拥有自主知识产权、知名品牌和核心竞争力的中小企业数量不断增加。可以说，“中小企业知识产权战略推进工程”对推动中小企业走创新发展之路起到了重要的促进作用。
为了在“十三五”期间进一步鼓励和支持中小企业创新发展，提升中小企业自主知识产权水平，充分落实国家创新驱动战略的要求，国家知识产权局决定在首期5年“中小企业知识产权战略推进工程”所取得的成功经验的基础上，联合工业和信息化部进一步出台《关于全面组织实施中小企业知识产权战略推进工程的指导意见》（以下简称《指导意见》），在全国更大范围推广中小企业知识产权工作，为实现新常态下的创新驱动发展提供坚实的企业基础。
国家知识产权局和工业和信息化部于2016年年初共同启动《指导意见》的制定工作，专题听取了国务院发展研究中心、贸促会以及有关协会等单位专家的意见，并召开中小企业知识产权指导意见咨询研讨会，于2月形成《指导意见》初稿。
在《指导意见》初稿的基础上，国家知识产权局会同工业和信息化部深入交流、调研讨论、整合思路，结合双方近期开展的重点工作，形成《指导意见》修改稿。经认真讨论研究《指导意见》修改稿后，形成征求意见稿。该稿明确提出对中小企业知识产权创造、运用、保护、管理、公共服务等具体意见。
11月，经征求了双方有关部门相关意见后，最终形成《指导意见》印发稿。
《指导意见》主要体现了以下工作思路：
一是提升知识产权质量与效率，推动中小企业创新发展。通过建立专利导航产业和企业发展工作机制，依托专利信息资源，全面支撑中小企业创新发展。促进中小企业进行高价值专利培育，加大知识产权创造投入力度，激发中小企业的创造活力。
二是推动知识产权资本化运用，加强中小企业知识产权运营能力。发挥全国知识产权运营平台体系作用，促进中小企业知识产权转移转化。强调拓宽中小企业融资渠道，全方位支撑中小企业知识产权运营活动。
三是加大中小企业知识产权公共服务力度，营造良好的知识产权保护环境。建设与国家知识产权运营平台体系融合发展的多功能综合性的中小企业知识产权公共服务平台。完善中小企业维权援助工作机制，强调对重点领域和关键环节的专利保护，有针对性的加大知识产权保护执法力度。
四是优化知识产权管理体系，提升中小企业知识产权管理水平。通过贯彻实施企业知识产权管理规范国家标准，建立中小企业知识产权管理体系，强化知识产权资产管理，促进中小企业知识产权管理从无序到有序，从被动到主动的转变。
《指导意见》共分为三部分，在第一部分总体要求中提出了“到2020年，推进工程的实施范围在全国各省、市全面展开，中小企业知识产权创造、运用、保护和管理能力大幅提升，对中小企业转方式、调结构、上水平的贡献率明显提高，形成一批拥有知识产权、在产业链中具有竞争优势的中小企业”的目标和“以坚持市场主导与政府推动相结合、坚持统筹规划与协调发展相结合、坚持有序推进与探索创新相结合以及坚持分类指导与重点突出相结合”的基本原则，立足中小企业自身特点，对中小企业知识产权申请数量和质量、管理水平和服务能力等方面提出了要求。
在第二部分重点任务中提出了七项任务，一是实施专利导航，支撑中小企业创新发展，推动建立专利导航产业和企业发展工作机制；二是建立激励机制，激发中小企业知识产权创造活力，促进高价值专利培育和优化知识产权考核评价体系；三是坚持多措并举，提升中小企业知识产权运营能力，不断创新知识产权转移转化方式并完善支撑中小企业知识产权运营的融资渠道；四是夯实工作基础，加强中小企业知识产权保护力度，建立和完善中小企业维权援助工作机制，加大知识产权执法力度；五是加强科学指导，提升中小企业知识产权管理水平，推动中小企业建立知识产权管理体系，加强中小企业知识产权资产管理和实施中小企业知识产权托管工程；六是深化对外交流，开展中小企业知识产权跨境合作，全力支持中小企业走出去，帮助中小企业加强涉外知识产权风险防范；七是转变政府职能，优化中小企业知识产权公共服务，完善中小企业知识产权公共服务体系，号召行业性组织提供知识产权公益服务。通过上述重点任务的落实与实施，全面提升中小企业知识产权水平和创新发展能力。
第三部分包括组织领导、人才培养、财税支持、重点推进和宣传推广五个部分，重点选择一批集聚度高、创新能力强、知识产权运用基础扎实的中小企业集聚区作为载体，全面落实重点任务，为推进工程的顺利实施提供有力保障。
